甲午战后，清政府与日本签订了《马关条约》，宣布放弃对朝鲜的宗主国地位。日本借机在朝鲜扩张势力，但遭到当时主政的闵妃的坚决抵制。“玄洋社”认为若想在朝鲜扩大亲日势力，必须先除掉闵妃。头山满积极与日本驻汉城公使三浦梧楼谋划刺杀方案，1895年10月8日凌晨3时左右，“玄洋社”组织40余名日本浪人，夜闯闵妃寝宫——景福宫，以极其残忍的手段将闵妃杀害并焚尸灭迹。
在甲午战争期间，清政府曾多次抓到“玄洋社”派出的间谍，俄国政府也宣布该社成员为“不受欢迎的人”。在西方人眼中，“玄洋社”更成为诟病日本的把柄。“玄洋社”不仅在国外罪行累累，其在国内也是大搞“顺我者昌，逆我者亡”的恐吓活动。1889年2月21日，即《大日本帝国宪法》颁布当日，文部大臣森有礼在准备出席颁布仪式时，就是遭到“玄洋社”派出的刺客西野文太郎暗杀身亡。8个月后，与“玄洋社”政见不同的外务大臣大隈重信，又遭该社成员来岛恒喜的炸弹袭击，大隈重信被炸断了一条腿。遇刺后，大隈重信宣布辞去外相之职。
迫于国内外舆论压力，为了继续“玄洋社”的事业，头山满不得不另起炉灶，图谋东山再起。此时，声名鹊起，年仅26岁的内田良平进入了头山满的视线。内田良平，1874年生于日本的福冈，出身武士家族，其叔父是玄洋社社长冈浩太郎。受到家族影响，内田良平从小就嗜武，经常与浪人交游。年轻的内田良平就已经参与玄洋社在国内外的各种阴谋活动。
1901年2月3日，内田良平、葛生修吉、平山周等56人在东京神田锦辉馆成立“黑龙会”。在会上，内田良平宣读了建会宗旨、会规，随后他又被推举为“黑龙会”的总负责人。而“玄洋社”的另一个头目头山满，则被聘为顾问，成为“黑龙会”的幕后主使。
“黑龙会”这一名称目标所指，就是蜿蜒于中国东北部与俄国的界河——黑龙江。19世纪末到20世纪初，俄国和日本在对外扩张时，不约而同地把目光投向了中国东北。早在19世纪中期，俄国趁第二次鸦片战争的机会，强迫清政府签下《瑷珲条约》和《北京条约》，强占了中国黑龙江以北、乌苏里江以东的大片领土。1895年中日签订《马关条约》，日本企图一举吞并朝鲜和我国的辽东半岛、台湾及澎湖列岛。一直将中国东北和朝鲜半岛视为自己势力范围的俄国人坐不住了，纠结德国和法国，以武力相威胁，要求日本向清政府归还辽东半岛。经过“三国干涉还辽”事件后，眼看到嘴里的肥肉又不得不吐了出来，日本人又气又恨，他们发誓要扩军备战，对俄国以牙还牙。“黑龙会”成立也暗合了这一背景。
内田良平当上了黑龙会的首领，但他觉得自己太年轻，基础并不十分雄厚，尽管前段自己的表现十分出色，但权威地位还不十分稳固，头山满的地位和影响都要远远超过自己。年轻气盛的内田良平决心要做真正的黑龙会的“灵魂”。他的潜力为他提供丁这种可能性，他勇武善战，又有较高的文化素养，可谓文武双全，不似头山满主要是作为社会活动家出现在**上。为了证实自己卓尔不群的才能，内田良平写了大量文章，论述当时世界形势和日本的战略。他写有：《俄罗斯亡国论》、《论俄罗斯和日本两国实力与和战之利害关系》、《俄罗斯国内之大缺陷》等文章，他还写了不少文章阐述日本黑社会的理论和政策方针，文章立论严谨、分析透彻，俨然一个政论家。不仅为黑龙会成员所叹服，而且一般百姓或政府官员也觉得内田良平真是个难得的“奇才”，面对如此杰出的头目，整个日本**人物都敬畏有加。自此以后，内田良平牢固树立了他在黑龙会及日本整个黑社会中的地位。
但内山并不以此为满足，他觉得**组织毕竟属于社会下层，某种程度上“入不了流”，但他还要在日本政界、军界起作用。不久，内田良平果然显示了他的力量。1902年，日本海军省、陆军省在讨论由谁来出任日本驻俄武官问题上出现了不同意见。明石元二郎海军省主张派明石元二郎，而陆军省另有人选，两派相持不下。与内田良平交往颇深消息传出后，内田良平马上以黑龙会首领的身份要求任命明石元二郎。陆军省的那帮战争狂人也都不是等闲之辈，对内田良平的提议开始并不买账。内田良平不动声色地说：“如果陆军省不听从我的建议，黑龙会以后就不再与陆军省合作，也不再向陆军省提供情报了。”这一招果然厉害，谁都知道黑龙会、玄洋社谍报方面的“能耐”，结果陆军省权衡一番后，终于妥协。明石元二郎高兴不已，赴任前专程拜访了内田良平，以示感谢，内田良平建议他在莫斯科和彼得格勒等地广交俄罗斯朋友，特别是利用当前俄国政局不稳，人心不定的有利时机，结识俄国内部反对沙皇的政治势力，并用武器和资金支援他们。然后从他们那里套取俄国政治、军事情报。明石元二郎到了俄国之后，依计而行，果然获得不少极有价值的情报。内田良平以此之功，获得日本军部高层人士的赞赏。
为准备对俄作战，黑龙会还出资办了四所专门学校，对学员分别教授俄语、汉语、朝语、间谍、国际关系等课程，以培养战时急需之才。内田良平还亲自参与绘制《俄国经营东方全图》，为日军对俄军作战提供了准确的地形资料。日俄在中国东北的正面冲突，眼看就要爆发了，但头山满、内田良平觉得日本内阁对俄政策不够强硬，就带几名打手走访桂太郎首相和伊藤博文外相，威胁他们要尽力促成对俄开战。开始桂太郎和伊藤博文还想敷衍，头山满只是向他的那几个打手意味深长地笑了笑，打手会意，冷眼盯着桂太郎，扬言谁不听劝，就揍谁一顿，伊朗博文和桂太郎知道惹不起黑龙会，当即表示接受他们的意见。